シフトJIS(=SJIS)とマイクロソフト独自拡張シフトJIS(=MS932)とは別物です。
WindowsではMS932を単にシフトJISと呼んでいるため、混同している人が多いですね。
また、Shift_JISとSJISも別物です。
JDK1.2〜JDK1.4.0まではShift_JIS=MS932となっていましたが
JDK1.4.1からはShift_JIS=SJISに戻り、MS932に対してはWindows-31Jを使うことが
推奨されています。Windows-31JはIANAに昔から登録されているエンコーディング
なのでJDKのバージョンに依らず問題なく使えます。
http://www.ingrid.org/java/i18n/encoding/shift_jis.html(on off)
#以前にも書いた記憶が...と思いつつ、書いてみる。